本署隸屬台灣高等檢察署，置檢察長1人、主任檢察官3人，分別督導各專組檢察官業務；在行政體系方面，設有人事室、會計室、統計室、政風室、資訊室、法醫室、觀護人室、書記處，其中書記處又隸屬有文書、總務、紀錄、執行、研考及法警室，以上科室對支援偵查及執行業務有相輔相成之功，發揮高度團隊服務精神。
